Stone Butch Blues raconte l'histoire de Jess, né·e aux États-Unis dans les années 1950 au sein d'une famille juive et prolétaire. De son enfance rythmée par les interrogations des passant·es sur son genre (« c'est un garçon ou c'est une fille ? ») à son adolescence et sa découverte des bars de nuit où se côtoient lesbiennes, drag queens et travailleuses du sexe, de ses premières embauches en usine avec d'autres butchs à sa transition, jusqu'à sa rencontre avec le mouvement LGBT naissant, son parcours traverse les décennies et nous parle d'amour, d'amitié, de politique et de solidarité face à la violence du monde.