Patrice Favre a suivi les traces de son père magistrat. Sorti d'école, il est nommé temporairement juge d'instruction en banlieue parisienne – une banlieue lointaine, mi-réelle mi-fantomatique. On observe les débuts de Favre, ses premières audiences au Palais de justice, ses investigations dans le cas criminel dont il a hérité : le meurtre d'un détenu emprisonné pour crime sexuel. Son prédécesseur – Herzog, un magistrat décati, énigmatique, en tout cas plus expérimenté – s'y est épuisé avant de se donner la mort.
Au fil de son enquête, où il progresse pour l'essentiel en reprenant l'instruction qu'a menée Herzog, Favre est renvoyé à ses dilemmes, à ses choix de vie, à sa propre histoire familiale et au récit national trouble, à toute la comédie sociale qu'il faut jouer pour tenir le rang dans son milieu et son métier.
Roman empruntant parfois au documentaire, L'instruction questionne avec inquiétude la société française contemporaine à travers le prisme technocratique, judiciaire, carcéral et policier.
C'est une manière d'anti-polar où l'enquête consiste surtout dans la recherche existentielle, voire métaphysique, d'une solution au malaise croissant de l'enquêteur.